O projeto se iniciou em 2022 como uma das iniciativas do Programa Mulheres e Meninas na Ciência da Fiocruz, com objetivo de somar às outras iniciativas, e oportunizar a experiência de elaboração de projetos de base tecnológico-científica às meninas estudantes de colégios públicos de nível médio das comunidades do Rio de Janeiro. O HackGirls se inicia com um hackaton, com imersão de 3 dias, onde, a partir do olhar delas sobre os desafios em saúde inerentes às meninas de comunidades, são ideadas soluções tecnológicas. Após o hackaton se inicia uma jornada de qualificação em tecnologias emergentes, onde elas aprendem a desenvolver chatbots, aplicativos e aprofundam o conhecimento em Design Thinking para soluções tecnológicas, além de realizarem visitas técnicas em instituições onde podem conhecer melhor o trabalho de cientistas de dados e programadores, visitas ao museu de tecnologia da informação da Oi, dentre outras atividades relacionadas à tecnologia e inovação.
Em dezembro de 2022, o HackGirls recebeu o Prêmio Conexão Inova, concedido pela Rede Conexão Inovação Pública, onde recebeu o selo 5 estrelas de iniciativa inovadora no serviço público. E em 2023, uma equipe de meninas do Colégio Estadual Clóvis Monteiro, que participou do HackGirls 2022, teve seu projeto premiado com o 2º lugar na categoria Pesquisa, Desenvolvimento e inovações na transformação digital, na 6ª edição da Feira de Soluções para a Saúde (Brasília-DF).